La più piccola delle proteine strutturali appartenenti al virus responsabile del Covid-19 è stata studiata e caratterizzata mediante l'uso della spettroscopia NMR da un gruppo di ricercatori del MIT (Massachussetts Institute of Technology).

La proteina E (envelope protein), nonostante i suoi soli 75 amminoacidi di lunghezza, è essenziale per la patogenicità del virus. L'elettroforesi su gel per l'analogo di SARS-CoV-1 aveva mostrato che un dominio della proteina è responsabile dell'assemblamento omopentamerico in presenza di detergenti come l'SDS e l'acido perfluoroottanoico. Il pentamero in questione è risultato poi essere un canale cationico fondamentale per l'assemblaggio dei virioni, quindi una strategia farmacologica di successo potrebbe consistere nella sua inibizione.

I tentativi di impiego di tecniche come i raggi X o la cryo-em non sono andati a buon fine, nel senso che non si è stati in grado di ottenere delle strutture ad alta risoluzione: i raggi X suggerivano una struttura elicoidale, ma per individuare un set di inibitori questa informazione è assolutamente insufficiente; da qui la necessità di impiegare l'NMR a stato solido per studiare la proteina isolata su un doppio strato fosfolipidico a vari gradi di idratazione e senza detergenti, onde evitare distorsioni strutturali.

Il gruppo di ricercatori ha anche studiato in che modo due farmaci, amantadina ed esametilene amiloride, sono in grado di legare e bloccare il poro del complesso proteico, nonostante riescano in questo obiettivo solo debolmente. Si tratta comunque di un punto di partenza utile per lo studio di nuovi farmaci.

Cover: Sovrapposizione delle aree rilevanti di due spettri NMR 2D C13

Fonte: DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8