Simulazione in dinamica molecolare rivela un passaggio fondamentale del meccanismo di splicing

Caratterizzato il meccanismo di reazione del secondo step di legatura¹ nello splicing dell'RNA messaggero dall'Istituto officina dei materiali del Consiglio nazionale delle ricerche².

Ne vengo a conoscenza da un comunicato stampa del CNR nel quale viene giustamente spiegato chi ha fatto cosa ed in cui, come al solito, viene sottolineata l'importanza che questi studi potrebbero avere per la medicina. Se vi interessa, lo lascio qui. A me interessa più spendere due parole sul "cosa", anziché sul "perché".

Splicing§

L'intero processo di splicing, inclusa questa fondamentale transesterificazione, è necessario alle cellule eucariotiche al fine di ottenere un RNA effettivamente traducibile: il DNA, infatti, è costituito per se stesso da sequenze introniche ed esoniche e, affinché sia prodotta una proteina funzionale, è necessario che la cellula si sbracci e si impegni attivamente per eliminare il trascritto di origine intronica, così da legare infine tra loro le componenti di origine esonica.

Di tutti i passaggi necessari allo splicing si occupa un grosso complesso enzimatico, o meglio ribozimatico, chiamato spliceosoma, il quale è stato esattamente l'oggetto di questo studio.

Risultati§

Per ottenere i risultati è stata condotta una simulazione in dinamica molecolare per mezzo di un supercomputer che ha permesso di tenere in considerazione tutti gli atomi del sistema ed utilizzare al contempo metodi di calcolo derivati dalla quantomeccanica (notoriamente più impattanti in termini di risorse) e dalla meccanica classica.

Cosa è stato scoperto?

• Un chiaro coinvolgimento di due ioni Mg²⁺ nella catalisi;
• Il primario, se non totale, ruolo dell'RNA in questo passaggio, il che sottolinea l'elevato grado di conservazione di questo meccanismo in termini evolutivi.

La prima reazione, invece, resta ancora da caratterizzare.